گویا در دین زرتشت، بجستان از شهرهای مقدس به شمار می‌رفته؛ وجود محوطه‌های باستانی در حوالی این شهر گویای این مدعاست و از زمان تیموری اهمیت ویژه‌ای پیدا کرده چرا که مسجدی به دستور شاهرخ میرزا در آن ساخته شده که اکنون اعتبار مذهبی شهر بجستان به شمار می‌رود.