باستان شناسها همچنین با کشف یک پایه ستون با تزیینات دوره ساسانی در منطقه شمالی مسجد وجود یک بنای قبل از اسلام در این نقطه از شهر اصفهان را تأیید کردهاند. به رغم آنکه درباره تاریخچه تحولات صورت گرفته در مسجد جامع اصفهان اختلاف نظرهایی وجود دارد ولی تخمین زده میشود که ساخت مسجد در قرنهای اولیه هجری و در زمان عباسیان انجام شده است. در قرن سوم هجری نیز براساس گزارشها محراب مسجد تخریب و جهت قبله آن اصلاح شده است.
بخشهای مختلف مسجد جامع اصفهان که در آخرین نشست کمیته میراث جهانی یونسکو به فهرست جهانی افزوده شده است، نزدیک به دوهزار سال شکل گرفته و طی این سالها در حال مرمت یا بازسازی بوده است. آخرین بازسازی بخش تخریب شده این مسجد پس از بمباران این بخش توسط هواپیماهای عراقی در دوران جنگ هشت ساله صورت گرفت.
مهمترین طرحهای توسعه مسجد تاریخی اصفهان در دوران آل بویه و پس از آن در دوران حکومت صفویه بر ایران شکل گرفته است
درخصوص این بنای تاریخی که اکنون هزاران سال از ایجاد آن میگذرد گفته میشود که مهمترین طرحهای توسعه مسجد تاریخی اصفهان در دوران آل بویه و پس از آن در دوران حکومت صفویه بر ایران شکل گرفته است.
پرفسور آرتور پوپ (باستان شناس) درباره این مسجد مینویسد: «من آن روز وقتی به تماشای مسجد جامع اصفهان رفتم و در زیر این گنبد قرار گرفتم، متوجه شدم که تمام وجودم در تسخیر گنبد و مسجد است؛ چون در زیر این گنبد به خوبی میتوان به شاهکار فنا ناپذیر و خلاقه ایرانیها پی برد و به عظمت مسجد و گنبد آن اعتقاد پیدا کرد. من از آن به بعد، بارها به مسجد جامع اصفهان رفتم و با تماشای گنبد این مسجد، زبان به تحسین گشودم و عشق و علاقه خود را به اصفهان و ایران، روز افزون دیدم. به همین جهت میخواهم، بعد از این که دیده بر هم نهادم، جسدم را را در این خاک مقدس دفن کنند.»
در مسجد جامع اصفهان چهار سنگاب قراردارند
سنگاب ایوان درویش: در ایوان شمالی مسجد جامع که ایوان درویش نام دارد، سنگابی از جنس سنگ پارسی قرار گرفتهاست. این سنگاب ابتدا در مجاورت مقبره علامه مجلسی قرار داشته و بعد به محلّ کنونی منتقل شدهاست. قطر دهانه سنگاب 115 سانتیمتر است، ولی نیمی از آن به علت شکستگی از بین رفتهاست. کتیبه بدنه این سنگاب به زبانهای فارسی و عربی و به خطّ ثلث است. آن چه از متن کتیبه بجا مانده به شرح زیر است:
... و صل علی زین العباد علی و الباقر محمد و الصادق جعفر و الکاظم موسی و الرضا علی و التقی محمد و النقی...
کرد وقف شاه مظلومان حسین ابن علی هرکه نوشد آب گوید لعن بر ابن زیاد
لبه این سنگاب دارای پنج جامگاه بودهاست که شکستگی نیمی از سنگاب باعث شده که تنها دوتا از آنها باقیبمانند. نقشهای بدنه این سنگاب هم در اثر فرسایش تا حدودی از بین رفتهاند.
سنگاب ایوان صاحب: ایوان جنوبی مسجد جامع، ایوان صاحب نام دارد و سنگابی ساده در رو به روی آن قرار گرفتهاست. این سنگاب در میان حوضچهای از سنگ چهارگوش قرار گرفته و روی لبه آن پنج جامگاه طرّاحی شدهاست. سطح خارجی سنگاب در بالا شامل کتیبه صلوات بر چهارده معصوم (ع) به خطّ ثلث و نقشهای کنگرهدار کوچک، و در قسمت پایین سنگاب، نقشهای کنگرهدار بزرگ است. همچنین بر روی بدنه سنگاب، کتیبهای به این مضمون نقش بستهاست.
وقف شرعی نمود توفیق... استاد امین ولد اسمعیل... فی 1102
دو سنگاب کوچک دیگر هم در مسجد جامع اصفهان وجود دارند که یکی در کنار حوض میان حیاط مسجد، و دیگری در برابر ایوان استاد (ایوان غربی) قرار گرفتهاند.